К основным недостаткам действующих железнодорожных тарифов можно отнести:
1. Применение в качестве тарифной базы среднесетевой себестоимости перевозок, дифференцированной по родам грузов, видам сообщения, типам используемых для перевозки вагонов и дальности перевозок и не учитывающей различия ее на отдельных направлениях и участках перевозок;
2. Построение действующих тарифов по затратному принципу без учета спроса на их перевозку;
3. Применение принципа, заключающегося в том, что тариф устанавливается без учета спроса на перевозку на таком уровне, чтобы доходы по каждому виду перевозки полностью покрывали предварительно отнесенные на данную перевозку зависящие и условно - постоянные расходы и приносили определенную прибыль;
4. Индексацию грузовых и пассажирских тарифов на основании изменения общей величины доходов и расходов в данном виде перевозок;
5. Установление грузовых тарифов по условию полного использования норм технической загрузки вагонов при перевозке данных видов грузов.
Построение тарифов на основе среднесетевой себестоимости грузовых и пассажирских перевозок имеет следующие недостатки.
Среднесетевая себестоимость перевозок отдельных видов грузов и категорий пассажиров, заложенная в действующих тарифах, была рассчитана в границах СССР до либерализации цен и несопоставима со среднесетевой себестоимостью перевозок в границах РФ как по величине, так и по структуре по следующим причинам:
1. За истекшее время цены на потребляемые железнодорожным транспортом ресурсы изменялись многократно, причем разными темпами по отдельным элементам затрат;
2. Среднесетевые природно-климатические, условия, к которым относятся среднегодовая температура воздуха, план и профиль пути, количество искусственных сооружений и т. п., в границах СССР и РФ различаются;
3. Различается техническая - вооруженность сети дорог в границах СССР и РФ: структура парка локомотивов по сериям и видам тяги, а также парка вагонов по типам вагонов, протяженность электрифицированных и неэлектрифицированных линий и пр.;
4. Произошедшее снижение объемов перевозок привело к изменению соотношения зависящих и условно-постоянных затрат железнодорожного транспорта в структуре себестоимости и соответствующему увеличению себестоимости перевозок;
5. Отказ от административных методов планирования перевозок, грузов привел к росту порожнего пробега грузовых вагонов, повышению вследствие этого себестоимости перевозок и изменению ее структуры.
Кроме вышеотмеченных недостатков, само применение среднесетeвой себестоимости перевозок в качестве базы тарифов приводит к несопоставимости реальных затрат на каждую перевозку, выполняемую в конкретных условиях, с полученными за нее доходами. Это вызывает необходимость разработки и применения достаточно сложного и малоэффективного механизма перераспределения прибыли железнодорожного транспорта от дорог с низкой себестоимостью перевозок на дороги с высокой себестоимостью. Использование такого механизма приводит к снижению стимулов повышения эффективности работы дорог и создает предпосылки для роста расходов и себестоимости перевозок.
Применение среднесетевой себестоимости в качестве базы тарифов и рассчитанных на ее основе среднесетевых тарифов практически всегда приводит к снижению прибыли: на направлениях с себестоимостью ниже среднесетевого уровня - вследствие искусственного сдерживания объемов перевозок и потерь доходов и прибыли; на направлениях с себестоимостью выше среднесетевого уровня вследствие искусственного привлечения дополнительных низкоэффективных перевозок и вызванного этим перерасхода средств.