В настоящее время железные дороги России эксплуатируются тремя группами игроков. В первую группу входят компании холдинга ОАО «Российские железные дороги». Вторая группа — это независимые или условно независимые от ОАО «РЖД» операторы, владеющие как собственной инфраструктурой (железнодорожные пути, сигнальная аппаратура и т. д.), так и парком вагонов. Третья группа состоит из компаний, владеющих только подвижным составом.
ОАО «Российский железные дороги» создано в 2003 году и является крупнейшей железнодорожной компанией в Росси
В состав ОАО «РЖД» входят 16 железных дорог — филиалов компании. Кроме того, в группу ОАО «РЖД» входит ряд дочерних компаний:
ОАО «Федеральная пассажирская компания»
ОАО «Первая грузовая компания» (до ноября 2011)
ОАО «Вторая грузовая компания»
ОАО «ТрансКонтейнер»
ООО «Аэроэкспресс» и других.
Пригородные пассажирские перевозки в ряде регионов осуществляются пригородными пассажирскими компаниями, созданными РЖД совместно с субъектами федерации.
Прочие перевозчики, владеющие инфраструктурой
ОАО «АК» «Железные дороги Якутии» (50 % в капитале принадлежит ОАО «РЖД», 50 % — правительству Якутии и другим лицам)
ОАО «Ямальская железнодорожная компания»
ОАО «Норильская горная компания»
ОАО «Золотое звено»
ООО «Газпромтранс»
Железнодорожные пути, принадлежащие указанным компаниям, как правило находятся в удалённых районах страны, а некоторые из них вовсе изолированы от федеральной сети РЖД. Указанные дороги в основном используются для локальных грузовых перевозок, что и объясняет тот факт, что преимущественно такие дороги принадлежат сырьевым группам.
Прочие операторы, не владеющие инфраструктурой
В течение 2000-х многие компании (в том числе и специально созданные «дочки» сырьевых групп) получили лицензии на осуществление железнодорожных перевозок. Частные (независимые) операторы эксплуатируют собственный парк вагонов, при этом используя инфраструктуру и услуги локомотивной тяги ОАО «РЖД». На ряде маршрутов компании работают собственными локомотивами.
Среди частных операторов такие компании, как «Независимая транспортная компания», «Дальневосточная транспортная группа» (ДВТГ), группа Globaltrans (в состав которой входят «Новая перевозочная компания» и «БалтТрансСервис»), «Евросиб» и др. Весной2008 года группа Globaltrans первой из железнодорожных компаний, работающих на российском рынке, провела IPO, разместив свои акции на Лондонской фондовой бирже. С определенной долей условности к частным операторам можно также отнести ОАО «Первая грузовая компания», участие в капитале которой группы «РЖД» сократилось в октябре 2011 до 25%.