Организация труда судовых экипажей должна базироваться на научных основах и соответствовать всем требованиям современного научно-технического прогресса. Настойчивое внедрение научной организаций труда является важнейшей задачей судовых партийных, профсоюзных и комсомольских организаций, а так же каждого работника плавсостава. Комплексная механизация и автоматизация трудовых процессов, а так же изменения в методах берегового обслуживания флота – всё это предъявляет новые требования к направлениям научного совершенствования организаций и труда судовых экипажей.
Одно из направлений внедрения НОТ на флоте – совершенствование форм разделения и кооперации труда. Характерным примером разделения труда является система комплексного берегового обслуживания флота. Она позволяет полностью освободить экипажи флота от выполнения вспомогательных работ по обслуживанию судов в портах и на рейдах, способствует освоению судовыми и береговыми работниками родственных профессий и специальностей. На судне могут быть созданы группы из двух – трёх членов экипажа, которые специализировались бы на ремонте судового инвентаря. Состав групп следует формировать с учётом индивидуальных способностей членов экипажа. Необходимая согласованность труда отдельных членов экипажа при выполнении различных судовых работ достигается кооперацией труда. Наиболее полно принцип кооперации труда осуществляется при совмещении членами экипажа смежных профессий.